تمتلك جامعة طنطا هيكل إداري وتنظيمي طبقي خاص يمتلك العديد من الكفاءات المميزة القادرة على النهوض بأهداف الجامعة في كافة المجالات والتخصصات والصعود بها إلى مصاف الجامعات العالمية المتقدمة.

يبدأ الهيكل الإداري برئيس الجامعة على رأس الهيكل يتبعه القيادات الخاصة بالجامعة ومجلس الجامعة وهو مجلس تنفيذي يتم تأليفه من قبل رئيس الجامعة